Разгромив в пров. Кам сторонников Кармапа, Гуши-хан в монастыре Ташилунпо официально передал пятому далай-ламе власть над всем Тибетом. Столицей Тибета стала Лхаса. Был учрежден пост главы светской администрации страны — деши. В 1643 г. пятого далай-ламу признали правителем Тибета Непал и Сикким. В 1645 г. в Лхасе начались работы по возведению грандиозного дворца далай-лам Потала (завершены в 1695 г.). Нужно было выяснить позицию Пекина, только что занятого маньчжурами. В 1647 г. далай-лама и панчен-лама направили маньчжурскому императору поздравление по случаю овладения Пекином и золотые статуи Будды. В ответ на это оба великих ламы были приглашены в Пекин.
Маньчжурские ханы, обращаясь к монголам, любили выдавать себя за потомков юаньских императоров. Далай-лама надеялся в лице императора Цин найти таких же покровителей, каковыми были императоры Юань для сакьяских иерархов. Маньчжуры, со своей стороны, рассчитывали найти в далай-ламах средство проведения угодной им политики среди монголов и ойратов. В 1652 г. далай-лама прибыл в Пекин. Он встретил не тот прием, которого ожидал, и поэтому отказался от приглашения императора Цин поехать на сейм монгольских князей.
Вернувшись в Тибет, далай-лама занялся устройством монастырей Гелугпа, есть данные, что к этому времени их в Тибете было 750 с 50 800 монахами. После смерти в 1654 г. Гуши-х-ана власть ойратов в Тибете ослабела и пятый далай-лама стал, по существу, единолично управлять страной. Он ввел для тибетских чиновников табель о рангах и форменное платье. Для подготовки светских чиновников была открыта специальная школа. В 1682 г. пятый далай-лама скончался.
