Медицина (аюрведа) также базировалась на ‘значительных достижениях древнего периода. Средневековые ученые медики стремились собрать обширные медицинские знания, накопленные в стране, изложить их в афористичной, краткой форме («Йогашатака», VII в.) или, напротив, так подробно, как только возможно («Астаньгасамграха» Вагбхабы, VII в. , «Амритахридаяастанга», VIII в.). Самостоятельностью отличались трактаты Канады и Шанкарасены, посвященные исследованию пульса.
Интересно, что в средневековых сочинениях параллельно, не мешая друг другу, существовали две медицины, базирующиеся на двух различных учениях о строении человека. Медицинские трактаты основывались на анатомических знаниях, добытых эмпирическим путем и более или менее реально отражавших , анатомию человека. В йогической же и тантрической литературе давалась скорее воображаемая, чем реальная структура внутренних органов. Живучесть йогических представлений об анатомии объясняется тем, что йога в целом не ставила целью лечение болезней, а служила теоретическим обоснованием определенной практики поведения, которая должна привести к физическому и психическому совершенству человека.
Известное развитие получила также химия. В связи с этим надо упомянуть сочинения Говиндабхагаваты (XI в.) и Сома-девы (XII—XIII вв.).
