Леонардо умер 2 мая 1519 г. в замке Клу, близ Амбу-аза, во Франции. Все рукописи, исследования и чертежи перешли к его любимому ученику Франческо Мельци, который ревностно хранил их до самой своей смерти (1570). После этого более чем 5000 рукописных страниц переходили из рук в руки, перемещались из одной библиотеки в другую и, наконец, были разделены на 10 частей, которые впоследствии систематизировали, описали и сегодня они носят следующие названия: Кодекс (свод) Арунделя, Атлантический кодекс, Кодекс Тривульциано, Кодекс о полете птиц, Кодекс Эшбернхема, Кодекс Института Франции, Кодекс Форстера, Кодекс Лейстера, Виндзорские листы, Мадридский кодекс.
Большая часть рукописей находится в институтах, музеях и библиотеках Франции, Италии, Англии и Испании. Исключение составляет Кодекс Лейстера — он хранится в США, поскольку в 1994 г. его приобрел владелец компании «Майкрософт» Билл Гейтс. За рукопись пришлось отдать «скромную» сумму — примерно 30 млн. долларов.